Новое веб-приложение поможет изучить генетику рака

Американские ученые из университета Брауна разработали новое веб-приложение, которое может помочь исследователям и врачам изучить генетические основы рака.

Новый инструмент под названием MAGI – это бесплатное веб-приложение с открытым исходным кодом, которое дает пользователям возможность искать, визуализировать и комментировать большие наборы данных, находящиеся в каталогах генетических мутаций, ответственных за развитие рака, включая данные из Атласа генома рака (TCGA). Основная мотивация для создания MAGI заключалась в том, чтобы уменьшить вычислительную нагрузку, необходимую для исследователей и врачей, чтобы изучать и комментировать данные геномики рака. MAGI позволяет исследовать эти данные в обычном браузере и без необходимых знаний. В дополнение к просмотру данных приложение также позволяет загружать свои собственные данные и сравнивать свои выводы с выводами в больших базах данных.

За последнее десятилетие исследователи, работающие с TCGA, упорядочили тысячи генов, мутации которых вызывают развитие рака, и десятки видов рака, чтобы понять, какие мутации способствуют развитию рака. Загружая свои данные в MAGI, исследователи могут использовать большие массивы данных общественных, которые могут помочь им интерпретировать свои собственные данные. Пользователи могут искать необходимую информацию по типу рака, индивидуальным генам или группам генов. Итоговая информация предлагает несколько способов визуализации результатов поиска, показывая, как часто данный ген мутировал и какие виды мутаций наблюдались.